Een affiliate cookie is een cookie (een stukje geheugen) die geplaatst wordt om in de gaten te houden wie er op de door een adverteerde uitgegeven affiliatelinks klikt. Hiermee kan de adverteerder zien van welke pagina zijn klant komt en de affiliate (partner) van die pagina, indien dat is afgesproken, betalen voor deze link. Bijvoorbeeld: je schrijft een recensie over een boek wat je hebt gekocht op bol.com en bent aangemeld voor hun affiliate programma. Je krijgt dan van bol.com een affiliate link die je plaatst in je artikel. Elke keer dat iemand op die link klikt, dropt bol.com een cookie om in de gaten te houden of deze klant iets koopt op bol.com. Wanneer dit gebeurt krijg jij, als affiliatiepartner, uitbetaald door bol.com. De meeste affiliate cookies hebben een beperkte levensduur. Als je bijvoorbeeld binnen 24 uur na het klikken op de affiliate link niets koopt, vervalt de cookie. Andere cookies blijven een jaar actief, sommigen zelfs voor onbepaalde tijd. Het maakt dan niet uit wanneer de klant iets aanschaft, je krijgt hoe dan ook betaald voor de link.